KSeF dla lekarza na JDG - co musisz zrobić przed 1 stycznia 2027

KSeF dla lekarza - krótka odpowiedź

Tak, lekarz na JDG - także zwolniony z VAT - musi wystawiać faktury w KSeF, jeśli wystawia je firmom (szpitalowi, przychodni, NFZ, innej spółce). Obowiązek obowiązuje od 1 kwietnia 2026 r., ale do 31 grudnia 2026 r. możesz jeszcze fakturować poza systemem, jeżeli łączna wartość Twoich faktur w miesiącu nie przekracza 10 000 zł (z VAT). Od 1 stycznia 2027 r. ta furtka znika - każda faktura dla kontrahenta-firmy musi przejść przez Krajowy System e-Faktur. Faktury dla pacjentów (osób prywatnych) nadal mogą być wystawiane poza KSeF.

Jeśli pracujesz na kontrakcie B2B w szpitalu i do tej pory wysyłałeś PDF-a mailem, masz kilka tygodni, żeby to uporządkować. Poniżej znajdziesz konkretną listę kroków.

Skąd się wziął obowiązek i jakie są terminy?

Obowiązkowy KSeF wprowadziła ustawa z 5 sierpnia 2025 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług (Dz.U. 2025 poz. 1203). Harmonogram wygląda tak:

Dla typowego lekarza kontraktowego najważniejsza jest więc data 1 stycznia 2027 r. Jeśli do tej pory korzystałeś z limitu 10 000 zł albo po prostu „jeszcze nie zdążyłeś” - od nowego roku nie będzie już wyjątku.

„Ale ja jestem zwolniony z VAT” - dlaczego to nie wystarczy

To najczęstsze nieporozumienie wśród medyków. Usługi medyczne korzystają ze zwolnienia z VAT (szczegóły opisaliśmy w artykule VAT w praktyce lekarskiej), ale zwolnienie z VAT nie zwalnia z KSeF. Ministerstwo Finansów mówi wprost: co do zasady każdy podatnik - czynny i zwolniony - który ma obowiązek wystawić fakturę, wystawia ją w KSeF.

Kluczowe jest słowo „obowiązek”. Przy sprzedaży zwolnionej z VAT przepisy (art. 106b ust. 2 ustawy o VAT) nie wymagają faktury z automatu. Musisz ją wystawić, gdy nabywca o nią poprosi (art. 106b ust. 3 ustawy o VAT). A w praktyce szpital, przychodnia czy firma medyczna zawsze chcą faktury - bez niej nie zaksięgują kosztu i nie zapłacą Ci za dyżury.

A może rachunek zamiast faktury?

W sieci krąży porada: „zwolniony z VAT wystawia rachunek i ma KSeF z głowy”. Uważaj. W odpowiedzi z 26 stycznia 2026 r. (PT7.8165.6.2026.46) Ministerstwo Finansów wskazało, że transakcję podlegającą VAT - także zwolnioną - dokumentuje się fakturą, a rachunek z Ordynacji podatkowej jej nie zastępuje. Rachunek ma zastosowanie w wąskich przypadkach (np. czynności niepodlegające VAT), a nie przy kontrakcie lekarskim.

Uwaga też na wyjątek z rozporządzenia o wyłączeniach z KSeF (Dz.U. 2025 poz. 1740): zwalnia on z e-faktur niektóre usługi zwolnione z VAT dokumentowane fakturą o węższym zakresie danych - ale dotyczy usług finansowych i ubezpieczeniowych (art. 43 ust. 1 pkt 7 i 37–41), nie usług medycznych.

Kiedy lekarz wystawia fakturę w KSeF, a kiedy nie?

Jeśli przyjmujesz pacjentów prywatnie, pamiętaj, że sprzedaż osobom fizycznym ewidencjonujesz na kasie fiskalnej - więcej w artykule Kasa fiskalna dla lekarza. Do końca 2026 r. faktury wystawiane z kasy fiskalnej są wyłączone z KSeF; od 2027 r. ta ulga wygasa, więc fakturę dla firmy wystawisz już w systemie.

Limit 10 000 zł - jak działa do końca 2026 roku?

Do 31 grudnia 2026 r. możesz wystawiać faktury poza KSeF, jeśli łączna wartość sprzedaży z VAT na fakturach w danym miesiącu nie przekracza 10 000 zł. Przy usługach zwolnionych z VAT kwota brutto równa się netto, więc liczysz po prostu sumę faktur.

Gdy w danym miesiącu limit zostanie przekroczony, obowiązek KSeF zaczyna się od faktury, która go przekroczyła - i nie wraca się już do „starego” trybu.

Przykład - trzy sytuacje lekarzy kontraktowych (stan na listopad 2026)

Jeśli rozliczasz dyżury kilkoma fakturami w miesiącu, pilnuj tej sumy szczególnie - o tym, jak fakturować dyżury, piszemy w artykule Rozliczanie dyżurów lekarskich na B2B.

W praktyce większość lekarzy pracujących na kontraktach i tak przekracza ten limit, więc dla nich KSeF obowiązuje już od kwietnia 2026 r. Limit to głównie ratunek dla lekarzy z jednym niewielkim kontraktem.

Faktury kosztowe też przyjdą przez KSeF

Od 1 lutego 2026 r. odbiór faktur odbywa się przez KSeF - niezależnie od tego, czy sam już wystawiasz e-faktury. Faktury za leasing samochodu, paliwo, oprogramowanie gabinetowe, OC czy wynajem gabinetu od kontrahentów objętych obowiązkiem trafiają do systemu.

Co to oznacza dla Ciebie?

Samofakturowanie - gdy to szpital wystawia fakturę za Ciebie

Niektóre szpitale stosują samofakturowanie: to one wystawiają fakturę w Twoim imieniu na podstawie umowy (art. 106d ustawy o VAT). W KSeF wymaga to nadania szpitalowi uprawnienia do samofakturowania w Twoim imieniu. Bez tego szpital technicznie nie wystawi faktury, a Ty możesz czekać na wypłatę.

Jeśli Twoja umowa przewiduje samofakturowanie, sprawdź z działem księgowości szpitala, czy uprawnienie jest nadane - najlepiej jeszcze w 2026 r. Przy okazji warto przejrzeć całą umowę - podpowiadamy, na co uważać, w artykule Umowa B2B lekarza - na co uważać.

Jak lekarz na JDG loguje się do KSeF?

Jako osoba prowadząca jednoosobową działalność logujesz się do Aplikacji Podatnika KSeF udostępnionej przez Ministerstwo Finansów za pomocą:

W aplikacji możesz nadać uprawnienia innym osobom - np. biuru rachunkowemu - do wystawiania i/lub przeglądania faktur. Możesz tam też wygenerować token lub certyfikat KSeF potrzebny programom do fakturowania.

Do pracy w trybie offline (np. gdy system nie działa albo nie masz internetu) potrzebny jest certyfikat KSeF. Fakturę wystawioną offline trzeba przesłać do KSeF najpóźniej w następnym dniu roboczym, a jej wizualizacja musi mieć kody QR.

Checklista lekarza na JDG przed 1 stycznia 2027

Co grozi, jeśli zignorujesz KSeF?

Do 31 grudnia 2026 r. trwa okres, w którym za błędy związane z KSeF nie są nakładane kary. Od 2027 r. ten parasol znika. Faktura dla firmy wystawiona poza systemem nie jest prawidłową fakturą ustrukturyzowaną, a w praktyce szpital może odmówić jej przyjęcia i wstrzymać płatność do czasu korekty. Dla lekarza, który żyje z kontraktu, opóźnienie wypłaty za cały miesiąc dyżurów to najbardziej odczuwalna konsekwencja.

Ryczałt, KPiR - czy forma opodatkowania coś zmienia?

Nie. KSeF dotyczy fakturowania, a nie podatku dochodowego. Obowiązek jest taki sam na ryczałcie 14%, podatku liniowym i skali. Zmienia się tylko to, skąd księgowa pobiera dokumenty - zamiast z maila, z KSeF.

Przełom roku to też dobry moment, żeby przeliczyć, czy Twoja forma opodatkowania jest nadal optymalna - możesz to szybko sprawdzić w naszym kalkulatorze B2B dla medyków.

Jak pomagamy lekarzom z KSeF

W ramach księgowości dla lekarzy:

Jeśli Twoje obecne biuro nie ma planu na KSeF, przejście do nas jest prostsze, niż myślisz - opisaliśmy to w artykule Jak zmienić biuro księgowe.